رويه پذيرش پناهندگی مستلزم تحقيق است تا بتوان معلوم ساخت که آيا خارجی پناهجو حائز شرايط يک پناهنده هست يا خير.
يک فرد خارجی که پناهنده شده باشد ميتواند درخواست پذيرش پناهندگی کند و هر گاه وزير دادگستری آن را بپذيرد در حمايت مقررات پناهندگی قرارخواهد گرفت.
حقوق يا مزايای فرد خارجی که پناهنده شناخته شده
1. معافيت از بعضی از الزامات اقامت دائم
يک فرد خارجی که در ژاپن به سر می برد و تقاضای اجازه اقامت دائم می کند بايد حائز شروط دوگانه زير باشد:
1( دارای رفتار شايسته و حسن سلوک باشد. )
2( درآمد و دارائی کافی يا توانائی تآمين اعاشه خانواده خود را داشته باشد. )
به فرد خارجی مقيم ژاپن که واجد شرط دوم نباشد به صلاحديد وزير دادگستری اجازه اقامت دائم داده ميشود.
2. صدور سند مسافرت
برای يک شخص خارجی که پناهنده شناخته شده به منظورسفر به يک کشور خارجی سند مسافرت صادر ميشود. فرد شخص خارجی دارنده سند مسافرت ميتواند در مدت اعتبار سند مسافرت چند بار ازکشور خارج شود و به ژاپن مراجعت کند.
3. حقوق مختلف مندرج در ميثاق پناهندگی
با يک خارجی که پناهنده شناخته شده اصو لا مانند تبعه کشورهای امضا کننده ميثاق پناهندگی يا از لحاظ مقررات ميثاق پناهندگی مانند يک فرد خارجی عادی رفتار خواهدشد. ژاپن با پناهندگان از لحاظ برخورداری از حقوق بازنشستگی و کمک هزينه فرزندان و کمک های رفاهی و مزايای مشابه مانند اتباع ژاپن رفتارخواهد کرد.
مقررات درخواست پناهندگی
1) مهلت درخواست 
هيچيک ازمقررات موجود مهلت درخواست پذيرش پناهنده را محدود نمی کند.
2) دفتر رسيدگی به درخواست پناهندگی 
در خواست پذيرش پناهنده را ميتوان به يکی ازادارات مهاجرت منطقه ای يا شعبات آن که محل اقامت درخواست کننده در حوزه صلاحيت آنهاست تسليم کرد.
درخواست کننده بايد برای درخواست پناهندگی شخصا به ادارات منطقه ای مراجعه کند ولی اگر کمتر از 16 سال داشته يا به علت بيماری يا دلايل ديگر نتواند حضور يابد پدر يا مادر،همسر، فرزند و يا خويشاوند ديگر او می تواند از طرف او درخواست کند.
فهرست دفاتر مسئول رسيدگی به تقاضای پناهندگی در ادارات منطفه ای و محلی مهاجرت به شرح زير است.
اداره پناهندگان اداره مهاجرت منطقه توکيو
اداره بازرسی دفتر مهاجرت فرودگاه ناريتا
اداره استخدام و اقامت دائم اداره مهاجرت منطقه يوکوهاما
اداره استخدام و اقامت دائم اداره مهاجرت منطقه اوزاکا
اداره بازرسی دفتر مهاجرت فرودگاه کانسای
اداره رسيدگی به وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت ناحيه کوبی
بخش اقامت دائم اداره مهاجرت منطقه ناگويا
بخش بازرسی دفتر مهاجرت فرودگاه چوبو
اداره ورود و وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت منطقه هيروشيما
اداره ورود و وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت منطقه فوکواکا
اداره رسيدگی به وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت ناحيه ناها
اداره رسيدگی به وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت ناحيه سندای
اداره رسيدگی به وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت منطقه ساپورو
اداره رسيدگی به وضعيت پناهندگان اداره مهاجرت منطقه تاکاماتسو
3) مدارک لازم برای درخواست پناهندگی 
برای درخواست پناهندگی بايد مدارک زير فراهم باشد. يک پناهجوی خارجی که به دليل بيماری، جراحت يا ناتوانی جسمی نتواند تقاضانامه پرکند، بجای تکميل تقاضانامه می تواند شفاها وضع خود را به بازرس مهاجرت يا بازپرس پناهندگی اظهار دارد.
1) اسنادی که بايد تسليم شود 
الف – يک نسخه تقاضانامه برای پذيرش يا شناسائی به عنوان پناهنده در فرم موجود در دفتر تقاضانامه ها. 1 نسخه
ب – دو نسخه سند حاکی ازپناهنده بودن شخص متقاضی ميتواند شرحی مبنی بر پناهنده بودن خود تسليم دارد. 2 نسخه
ج – عکس تمام صورت به اندازه 5 در 5 سانتيمتر بدون کلاه از سينه به بالا که ظرف دو ماه پيش از روز تسليم تقاضا گرفته شده، با درج نام کامل و تاريخ تولد در پشت هرعکس. 2 قطعه
ولی شخص خارجی فاقد شرايط اقامت قانونی که بدون مدارک قانونی اقامت گزيده بايد سه قطعه عکس تسليم کند.
شخص خارجی فاقد وضعيت قانونی برای اقامت کسی است که بدون
احراز وضعيت قانونی برای اقامت در ژاپن اقامت جسته، بر خلاف « کنترل مهاجرت و پذيرش پناهندگان کسی که به عنوان پناهنده موقت به او اجازه ورود به کشور داده شده و مدت اقامت موقت اوبر اساس مجوز کتبی منقضی نشده يا کسی که بر اساس مقررات خاصی اقامت دائم گزيده است
2) مدارکی که بايد ارائه شود 
الف – گذرنامه يا گواهی وضعيت اقامت (در صورت نداشتن, متقاضی بايد شرحی کتبی در بيان دليل نداشتن اين مدارک تسليم کند).
ب – گواهی ثبت نام به عنوان خارجی ( در صورتی که نزد متقاضی باشد).
ج – در صورتيکه شخص خارجی بطور موقت يا به عنوان خدمه کشتی يا هواپيما و يا اضطرارا و يا در نتيجه يک بليه يا سانحه يا به عنوان پناهنده موقت وارد شده باشد بايد اجازه ورود خود را تسليم کند.
د – اجازه ترخيص يا آزادی موقت در مورد يک خارجی در صورتی که چنين اجازه ای به او داده شده باشد.
3) مدارک لازم برای اثبات صلاحيت پناهندگی 
پذيرش پناهندگی مبتنی برمدارکی است که متقاضی تسليم می کند. بنا بر اين متقاضی بايد بتواند با مدارک کافی يا شهادتنامه اشخاص ذيربط پناهنده بودن خود را ثابت کند.
در صورتيکه مدارک تسليمی برای اثبات پناهنده بودن متقاضی کافی نباشد بازپرس پناهندگی از طريق مصاحبه با متقاضی يا بر اساس اظهاراتی که نزد مقامات دولتی کرده درباره واقعيات به تحقيق می پردازد و برای احراز صلاحيت پناهندگی متقاضی کوشش ميکند.
4) اجازه اقامت موقت يا مشروط
هرگاه يک شخص خارجی فاقد وضعيت قانونی برای اقامت يا کسی که بطور غير قانونی اقامت گزيده به منظور تثبيت وضع قانونی خود درخواست پذيرش به عنوان پناهنده کند به او اجازه
اقامت موقت در ژاپن داده ميشود و اگر حائز شرايط لازم باشد يعنی درخواست خود را ظرف شش ماه از تاريخ ورود به ژاپن (يا از تاريخ آگاهی از مقرراتی که بر اساس آ ن ميتواند پناهنده شود) و يا به اين دليل که مستقيم ا ازکشوری آمده که طبق مقررات ميثاق پناهندگی احتمال تعقيبش ميرود حکم اخراج وی از کشور لغو ميشود.
اجازه اقامت موقت نياز به درخواست جداگانه ندارد زيرا حکمی که بر اساس آن اجازه اقامت داده ميشود مبتنی بر مدارک و فرمی است که در خواست کنند ه برای پذيرش به عنوان پناهنده تسليم کرده است.
اقامت بر اساس اجازه اقامت موقت 
با اجازه اقامت موقت جريان اخراج از کشور موقت ا معلق ميشود. هر خارجی مادامی که مدت اقامت موقتش منقضی يا اجازه اقامتش به دليل ديگری لغو نشده ميتواند قانون ا در ژاپن اقامت داشته باشد.
مجوزکتبی اقامت موقت 
برای آن شخص خارجی صادر ميشود که وزير دادگستری به او مجوز کتبی اقامت موقت اجازه داده موقت ا در ژاپن بماند. دارنده مجوز بايد در مدت اعتبارمجوز خود را همراه داشته باشد.
مدت اقامت موقت و تمديد مدت آن 
اصولا مدت اقامت موقت سه ماه است.
درخواست تمديد اقامت موقت بايد ظرف ده روز قبل از انقضای مدت تسليم شود. فرم های درخواست در دفاتر وشعب اداره مهاجرت موجود است. 
شرايط لازم برای اقامت موقت
حوزه اقامت و رشته فعاليت فردی که اجازه سکونت موقت در ژاپن دريافت ميکند مشمول محدوديت هائی است. فعاليت های درخواست کننده در ژاپن تابع مقررات ممنوعيت استخدام است وهرگاه مأمور تحقيق درباره پناهندگی از او بخواهد، بايد به لحاظ همکاری و رعايت
مقررات پذيرش به عنوان پناهنده در تاريخ معين و در محل مقرر حضور يابد.
لغو اجازه اقامت موقت 
چنانچه فردی که اجازه سکونت موقت در ژاپن دريافت کرده از شرايط مقرر تخلف کند يا برای پذيرش به عنوان پناهنده عمد ا و از روی خدعه اسناد جعلی تسليم يا اظهارات خلاف حقيقت ارائه دهد و خلافهای مشابهی مرتکب شود اجازه اقامت موقتش لغو ميشود.
صدور گواهی پناهندگی
گواهی پناهندگی برای آن شخص خارجی که وزير دادگستری او را پناهنده شناخته است صادر ميشود. هر گاه پناهنده درخواست برخورداری از امکانات معمول در مورد حمايت از پناهندگان می کند بايد گواهی پناهندگی خود را ارائه دهد.
اجازه مربوط به وضعيت قانونی برای اقامت
چنانچه فرد خارجی که به عنوان پناهنده شناخته شده هنوز وضعيت قانونی برای اقامت را احراز نکرده باشد به شرط احراز شرايط لازم مانند تسليم درخواست پذيرش به عنوان پناهنده در ظرف شش ماه از تاريخ ورود به ژاپن يا از تاريخ آگاهی از مقرراتی که بر اساس آ ن ميتواند پناهنده شود و يا به اين دليل که مستقيم ا ازکشوری آمده که طبق مفاد ميثاق پناهندگان احتمال تعقيبش ميرود به وی مجوز اقامت که معادل اجازه اقامت دائم است داده ميشود.
به دليل خاص و استثنائ ا به يک شخص خارجی اجازه اقامت در ژاپن داده ميشود حتی اگر حائز شرايط مندرج در بالا نباشد.
اعتراض يا پژوهش
يک خارجی که با وجود درخواست پناهندگی، به عنوان پناهنده شناخته نشده يا وضعيت پناهندگی اش پس از پناهنده شناخته شدن لغو شده می تواند به وزير دادگستری تقاضای پژوهش دهد.
مدت ثبت درخواست پژوهش
درخواست پژوهش بايد ظرف هفت روز از دريافت اطلاعيه لغو وضعيت پناهندگی به ثبت برسد. اما اگر اوضاع و احوال اجتناب ناپذيرمانند سانحه يا بليه طبيعی مانع وی شود ميتواند حتی بعد از گذشت هفت روز اعتراض خود را عنوان کند.